治療生殖器皰疹，迄今還沒有特效藥物，也沒有防止復發的特效藥。常用的治療方法有：
　　
　　藥物治療：首選藥物叫無環鳥苷，此藥可減輕全身癥狀和疼痛，縮短病程，一般口服即可，嚴重者可靜脈注射；還有一種叫異丁苯丙酸，有抑制皰疹病毒的作用，口服用藥；病毒唑，可減輕癥狀；病毒靈（嗎啉呱）;第5種藥叫阿糖胞苷，均可酌情選用。
　　
　　免疫治療：牛痘苗、卡介苗和小兒麻痹糖丸，均可用作生殖器皰疹的免疫治療，對減少復發有一定作用。也有的使用干擾素、轉移因子、胎盤球蛋白等，以提高機體免疫力。據報道，目前正在試制皰疹病毒疫苗，以預防和減少復發。
　　
　　局部治療：目的是防止患處感染，保持患處清潔干燥。一般用1：5000高錳酸鉀坐浴或浸洗患處；也可用3%的雙氧水溶液清洗患處；或用0.5%的阿糖胞苷溶液涂患處。有的使用無環鳥苷、皰疹凈霜、復方新霉素膏、紅霉素膏外用，均有一定效果。