直腸指診檢查時能發現一部分前列腺結石，而有些結石難以發現，有些還應做鑒別診斷。因此，在做直腸指診的同時，還應在必要時做血清學檢查、X線檢查甚至經會陰或直腸穿刺活檢以幫助診斷。
　　
　　因為直腸指診能發現較大的前列腺結石。結石較大時，前列腺也會增大，通過直腸指診可捫及結石或質硬的結節。如果腺體內有多塊結石，占據了腺腔大部，用手指觸摸時可有結石摩擦音或捻發音。但如果結石較小或位于腺管、腺泡深部，則摸不出捻發音。前列腺結石合并前列腺炎癥時，包膜增厚，指診時易誤診為癌腫，但這種結節不固定，可活動，邊緣清楚，結節間的組織正常，據此可與前列腺腫瘤鑒別。