尿路感染的治療成功，不僅依靠抗菌藥物，更應注意糾正可能存在的易感因素，并鼓勵病人采取一些自助的預防措施，這在經常復發的病人尤為重要。
　　
　　一、偶爾發作者只要保持足夠的入水量，輔以對癥治療，多數可以自愈。如癥狀較重，伴有全身不適或腰部叩痛時，則需要給予抗菌藥物。用藥前應先作尿培養（最好兩次）。為了比較磺胺藥、呋喃旦啶，奈啶酸、氨芐青霉素等不同藥物的療效，曾進行過大量研究。從已經得到的資料來看，門診病人不論采用哪種藥物，治愈率均為８０％左右。住院期間特別是器械檢查引起的尿路感染，常常對多種抗生素耐藥，應根據敏感試驗選用藥物。
　　
　　對偶爾發作的患者，用藥時間以５～７日為宜。近來趨向于再縮短療程，認為延長用藥時間未必能降低復發率，反而會篩選出對多種抗生素耐藥的菌株，給今后的治療增加困難。
　　
　　在藥物治療期間，宜保證每日有２０００～３０００ｍl的入水量，鼓勵多排尿，而且排尿務盡。這些措施在感染控制后數周內仍然需要。停藥５～７日后宜再作尿細菌培養。感染反復發作的病人應作尿路造影，如無異常發現而且發作不太頻繁（譬如每年不超過３次），則處理方針同上；如發作頻繁，應考慮長期預防性服藥。
　　
　　二、反復再感染這些病人在一次發作之后，防御機能常受到損害，且可持續數月之久，使病人易發生再感染。每一次再感染又使機體抵抗力更為減弱，如此形成惡性循還。這類病人多數不易找到可以糾正的易感因素，用消毒藥液沖洗會陰部也沒有很大的幫助，最有效的預防措施還是鼓勵多飲水、頻排尿，并建議在性交后排空膀胱。經過這些措施，可能有一部分病人不再復發。如不奏效，應較長期地給予小劑量抗菌藥物，稱為預防性用藥（ｐｒoｐhylａcticthｅraｐｙ）。目的使病人在數月之內不發生再感染，以期渡過這段時間后，機體的防御能力有可能恢復，惡性循環得以中斷。以往多主張按常規劑量長期給抗菌藥物，并建議數種藥物輪換使用。近年的研究認為只要很小劑量的藥物就能達到預防再感染的目的。Ｃａttｅll建議先給兩周標準治療，以后每隔兩周將藥物減半，并重復尿培養以肯定菌尿被控制，直至ＴＭP-SＭZ減至隔晚１片或呋喃旦啶減為每晚５０ｍg，如此維持一年。對停藥后再復發的病人應延長用藥時間。鑒于性交可能是再感染的誘發因素，有人建議“事后”預防性服用抗菌藥物。
　　
　　三、感染復燃對不能用外科手術糾正誘因的病人，應增大抗菌藥物的劑量，以提高腎臟內和尿液中的藥物濃度，希望在低灌流區域亦有足夠的藥物到達。有些感染復燃雖然無法根治，卻可以通過長期給予小劑量抗菌藥物加以控制，稱之為抑制性治療（Ｓｕ-ｐpressiｖｅｔreａｔment）。具體用藥的方法如上節所介紹的預防性用藥方法。由于這種治療常常沒有固定的期限，所以應有明確的適應證方可采用。
　　
　　四、無癥狀的菌尿這種情況在泌尿外科常見，往往是比較無害而又是很難根治的，如回腸代膀胱患者、長期造瘺帶管者等。藥物治療可以暫時控制菌尿，但復發率很高。反復用藥可篩選出耐藥菌株，亦是利少弊多。每個病例應作具體分析，一般說來如果不伴有結石或梗阻，除非有急性發作，未必需要用抗菌藥物治療。相反，如果有結石或梗阻而又不能用手術糾正，則宜采用長期的抑制性治療。