男性非淋菌性尿道炎的潛伏期較難確定，尤其是性伴侶較多或無癥狀病原體攜帶者。男性非淋菌性尿道炎典型的癥狀是尿道刺癢、輕重不一的尿頻、尿急、尿痛和排尿困難。尿道口有粘液性或膿性分泌物，癥狀較淋病為輕。少量的分泌物，易見于較長時間不排尿或夜間沒有排尿至晨起排尿前，有的表現為痂膜封口或見內褲有淡黃色污穢。自覺癥狀不明顯或排尿時間間隔較短者，尿道分泌物易被尿液沖失。檢查見尿道口輕度水腫或潮紅、輕度外翻，有粘液或膿性分泌物。沿陰莖根部至尿道口方向擠壓尿道，可擠出粘液或膿性分泌物，偶有輕微觸痛。患者自覺排尿頻繁、尿痛劇烈或排尿終末燒灼性疼痛。
　　
　　淋病后尿道炎常見，表現為淋病經系統規則治療后，尿道炎癥狀和體征仍持續不退，或治愈后一段時間因酗酒、勞累、性生活過度等誘因出現上述癥狀和體征。