１.非淋菌性尿道炎和淋病病原體不同。非淋菌性尿道炎的病原體是沙眼衣原體和支原體、白色念珠菌、陰道毛滴蟲等，而淋病的病原體是淋病雙球菌。
　　
　　２.非淋菌性尿道炎和淋病臨床癥狀不同。非淋菌性尿道炎的臨床癥狀是分泌物呈乳白色，以慢性尿道炎的形式表現出來；而淋病的開始癥狀是自尿道口流出大量黃色膿性分泌物，以急性尿道炎的形式表現出來。
　　
　　３.非淋菌性尿道炎和淋病治療方法不同。非淋菌性尿道炎的治療藥物以四環素類、紅霉素藥物為主；而淋病的治療藥物以青霉素類、頭孢菌素類藥物為主。