男性非淋菌性尿道炎如果伴隨著出現一些并發癥，則上述尿道部位的癥狀一般都表現較為明顯，持續的時間也可能會延長，病情較單純性非淋菌性尿道炎重。
　　
　　常見并發癥如下：
　　
　　1．附睪炎單側或雙側附睪疼痛、腫脹，檢查時可觸及患病的附睪腫大、變硬、觸痛，有時同側精索受累時出現疼痛腫脹等精索炎表現。
　　
　　2．睪丸炎常與附睪或精索的炎癥一起發生，表現為一側或雙側睪丸疼痛腫脹，陰囊下墜脹痛不適等，檢查患側睪丸腫大、質硬、觸痛。嚴重者陰囊也出現水腫。患者可有全身發熱等全身癥狀。有時睪丸炎癥消退后睪丸腫脹仍還持續2～3個月。
　　
　　3．前列腺炎常是一種急性或亞急性狀態，表現為后尿道、會陰部、肛門部位等區域鈍痛或墜脹，這種鈍痛感有時還會涉及到陰囊、大腿根部，甚至還會影響到腰背部。除此之外，在原來非淋菌性尿道炎出現一系列尿道部位癥狀的基礎上，加上前列腺炎癥充血，使得尿頻、尿急、尿痛、排尿困難及尿道分泌物增多等癥狀更為明顯。如作肛門指檢前列腺檢查可發現前列腺有一定程度的腫脹與觸痛。
　　
　　4．Reiter綜合征表現為關節炎、結膜炎、尿道炎三聯征。發生率約為1％～2％。男性多見，女性少見。常發生于HLA—B27抗原陽性者。在患者的關節液中可檢測到衣原體和衣原體DNA，但從病變關節中分離解脲支原體不是很成功。
　　
　　5．尿道結石有研究表明在感染性結石病人的尿及結石中較代謝性結石病人這些標本中更常發現解脲支原體。
　　
　　6．不育雖然有研究表明解脲支原體可減低精子的運動力和數目，并和精子的異常外觀有關；在不育的配偶的生殖器標本更常分離到解脲支原體等，但目前尚無充分的證據表明解脲支原體是男性不育的重要原因。
　　
　　7．其他包括眼結膜炎、虹膜炎、直腸炎等。中耳炎、肺炎及肝臟周圍炎等相對較少，如發生則出現相關疾病的表現。