衣原體性尿道炎是非淋菌性尿道炎的一種，由衣原體感染引起的非急性化膿性尿道粘膜炎性病變。
　　
　　本病潛伏期比淋病長，約1-3周或數月，主要表現為尿道內不適，刺痛及燒灼感，并伴有不同程度的尿頻、尿急、尿痛，尿痛較淋病為輕。尿道口輕度紅腫并有漿液或粘液膿性分泌物，稀薄而量少，長時期不排尿或早晨首次排尿前可見尿道口分泌物污染內褲，并可見尿道口有"糊口"現象；分泌物少時，于晨起擠壓尿道才流出少量粘液。合并膀胱炎時可有血尿；無癥狀性非淋菌性尿道炎，約30-40%病人癥狀不典型或根本無癥狀。約1/3左右的淋球菌尿道炎病人合并沙眼衣原體感染，淋病治療后又出現尿道炎癥狀，易誤診為慢性淋病或抗青霉素淋球菌菌株感染。
　　
　　沙眼衣原體感染易并發附睪炎，表現為附睪腫大，變硬及觸痛，多為單側；累及睪丸可出現睪丸炎，表現為睪丸疼痛、觸痛、陰囊水腫及輸精管變硬變粗；累及前列腺時可出現后尿道、會陰及肛門部位鈍痛或觸痛，可有性功能障礙。如前列腺明顯腫大，可壓迫后尿道而出現尿流變細、排尿無力及尿流中斷等。