陰莖異常比較多見，以先天畸形為主，現簡述如下：
　　
　　(1)包莖：正常男子的陰莖皮膚較薄，近陰莖頭部的皮膚向內反折成雙層，覆于陰莖上，稱為包皮。若包皮口狹小，緊包陰莖頭不能將包皮向上翻轉而顯露陰莖頭時稱為包莖。小兒出生時包皮與陰莖頭之間存在粘連稱為先天性包莖。還有一種后天性包莖是繼發于陰莖頭包皮炎，包皮口形成瘢痕性攣縮所致。
　　
　　(2)隱匿陰莖：是指恥骨部脂肪過多，而附著于陰莖體的陰莖皮膚不足，以致陰莖隱匿于恥骨部的皮膚中。本病可能同時合并陰莖頭型尿道上裂，此時隔著陰莖皮膚可觸及陰莖背側的尿道溝。
　　
　　(3)陰莖陰囊轉位：又稱陰莖前陰囊。是陰囊長到了陰莖前面，因并發其他嚴重畸形多不能存活，故臨床罕見。完全性陰囊轉位不多見，部分陰莖陰囊轉位者常伴發尿道下裂。
　　
　　(4)陰莖扭轉：從陰莖的解剖結構可知，陰莖由背側的兩個陰莖海綿體和腹側正中的一個尿道海綿體組成，在發育過程中，若陰莖海綿體發育不對稱時，就發生了陰莖扭轉，其扭轉的程度由陰莖海綿體發育不平衡程度決定。
　　
　　(5)蹼狀陰莖：即從陰囊有一條薄的皮膚延續到陰莖腹側，出現陰莖陰囊融合的情況。
　　
　　(6)重復陰莖：包括分叉形陰莖，完全重復陰莖及另有一異位陰莖三種情況，以分叉形陰莖發生率為高。重復陰莖可僅限于陰莖頭或包括全陰莖體。
　　
　　(7)無陰莖：患者天生未長陰莖，尿道開在會陰、肛門附近甚至直腸內。本病十分罕見，約200萬個新生男孩中有一例。
　　
　　(8)大陰莖：顧名思義，與同年齡的人比較陰莖過大，稱大陰莖。一般來說，正常成人陰莖7～10厘米，勃起時可增大一倍。本病多發生于青春期早熟，先天性癡呆，侏儒癥，垂體功能亢進及腎上腺功能亢進者。
　　
　　(9)小陰莖：正常男性新生兒陰莖長度平均為3.5～7厘米，而小陰莖多不足1厘米，進入青春期，男性小陰莖呈兒童型。
　　
　　(10)先天性陰莖彎曲：是由于位于陰莖腹側的尿道海綿體變短，使陰莖彎向腹側。